プロトコール No.1
「ミニプレップ」(ver.1)

1日目(トランスフォーメーション)

【プレート作製】

1.    LBL (Luria-Bertani-Lennox)プレートを作製する。
        Agar (培地用寒天)1.5%
        LBL pH 7.2−7.4 1リットル 
            *LBL培地(×1、1リットル):
              酵母エキス         5 g
              ポリペプトン    10 g
              NaCl                 5 g
              H2O
                        +NaOH  (final pH 7.2 - 7.4)

2.    オートクレーブする(120℃、20 min)
            *注:密栓できるキャップ付き容器の場合は、爆発を避けるために、ふたを少し
       ゆるめてオートクレーブする。

3.   熱いうちに、空気が入らないように静かにまぜて、Agarをよく溶かす。
            *注:このときも、爆発を避けるために、密栓をせず、少しキャップをゆるめる。

4. 抗生物質を入れるときはオートクレーブ後、少し(50℃位)冷めてから入れる。
            (+)Amp プレート:(+) 50 mg/ml Amp 1 ml / LBL 1リットル
            (+)Amp (+)Cm プレート:(+) 50 mg/ml Amp 1 ml + (+)Cm 2 ml/LBL 1リットル
            (+)Cm プレート:(+) 20 mg/ml Cm 1 ml / LBL 1リットル
                        *(+)Amp = アンピシリン
                         (+)Cm   = クロラムフェニコール
    * 注:冷ましすぎると、Ampが混ざらない。

5. 少し冷ました培地を新品プレートに分注していく。

6. プレートの半分くらいまで(約25 ml)入れる。

7. 冷えて固まったら、作製日、抗生物質の有無、作製者名をテープに記入して、4℃で
  ストックする。

8. 抗生物質を後から塗布する場合
        1プレート(約25 ml)あたり、(×1000)抗生物質25 μl塗布する。
        滅菌Milli-Qで倍に希釈したものを50 μl塗布してもよい。
        (均一に塗布できる。)


【トランスフォーメーション】

1. プレートを8枚用意する。
        LBL+Amp(アンピシリン)アガロース1.5 % プレート。 
        37℃恒温機でふたをとり、下向きにして水滴を乾燥させておく。
    *注:作った直後は、寒天の表面に少し“しわ”ができる程度に10〜20 min程度、
       乾燥させる。

2. プラスミドpET-11a(−30℃ Freezer)を常温で溶かす。
            *pET-11a については以下のURLを参照:
                     http://www.novagen.com/Products/ProductDetail_NVG.asp?catNO=69436

3. 恒温槽を42℃に暖めておく。

4. Rosetta-gamiTM(DE3)のコンピテントセル100 μl(−80℃ Deep Freezer)を
  on iceで少し溶かす。
            *注:コンピテントセルは熱に弱いので、作業はすべてon ice で行う。

5. 丸小シールにプラスミドの番号を書き、コンピテントセルのエッペンチューブに貼る。

6. プラスミド1〜2 μlをコンピテントセルに加える。
            *注:1〜2回ピペッティングし、ピペットの先でゆっくり手早くまぜる。

7. on ice、20 min
        この間に乾燥させたプレートにプラスミド番号、大腸菌の種類、日付を書く。

8. heat shock:42℃、90 sec

9. on ice、1 min以上。(37℃に戻ればよい)

10. 温めておいたプレート(LBL+Ampアガロース1.5 % プレート)に無菌状態で塗布する。

11. 37℃恒温機に入れてオーバーナイト。

12. Rosetta-gamiTM (DE3) は16〜24 hrでコロニーが生えてくる。適度な大きさになった
   ら、逆さまにして4℃で保存、1ヶ月ぐらいまでは使える。


2日目(無菌操作、培養)

1. ふた付き6連チューブ(オートクレーブ済み)に液体培地LBL+Ampを3 mlずつ入れる。

2. コロニーを爪楊枝でつついて培地に植菌する。
  ホイルのかかった滅菌済み爪楊枝を、バーナーであぶって滅菌したピンセットで取り出し、
  使用済みのビーカーに入れる。
  使用済み爪楊枝はホイルをかけ、24 hr以上乾熱滅菌する。

3. ミニプレップ用37℃恒温機で振とうする。オーバーナイト24 hr以上。


3日目(ミニプレップ)

1. カルチャーしたサンプル用チューブとふたなし6連チューブ(オートクレーブ済み)を
  ミニプレップマシンへ。

2. ミニプレップマシン
            試薬のチェック
            廃液のチェック
            Power On
            Start
            チューブをセットする。手前から1番とし、セットした順番をメモする。
            右 保存用(空のチューブ)
            左 サンプル用(ふたを取ってセット)
                    AUTOMATIC RUN       _  ENT
                    TOTAL SAMPLE   _ 48 _  ENT
                    FILE No.          _  2 _  ENT
                    System Check
                    Reagent
                    Start(システムチェックのスタート)
                    Start(マシンのスタート)
            4 hr位で終了。オーバーナイトでかけてもよい。


4日目(アガロースゲル電気泳動)

【サンプルの回収】

1.   ミニプレップ終了後の保存用チューブにTE(10 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA)を
  50 μlずつ分注し、ボルテックスミキサーで攪拌する。
            *Tris:tris-(hydroxymethyl) aminomethane(2-amino-2-hydroxymethylpropane-1,3-diol)
     EDTA:Ethylenediamine-N,N,N',N'-tetraacetic acid

2.   ミニエッペンチューブにプラスミドの種類、番号(例:pET11a_0312)、および
  シリアル番号を記入し、保存用チューブから、各エッペンに移す。
            *注:回収しにくいが、なるべく全量とるようにすること。


【サンプルの電気泳動】

1.   RNase(リボヌクレアーゼ)+DNA dye(色素)(−30℃ Freezer)をDNAプレート
  のウェルに1 μlずつ分注する。
            *DNA dye:
                 BTB(bromo thymol blue)    2.5 mg       
                   グリセロール            5.0 ml
                   0.5 M EDTA            0.2 ml
                        + H2O  /計10 mlにする。

2. ミニエッペンの各サンプル2 μlをそれぞれのウェルに入れ、2〜3回ピペッティングする。

3. ふたに湿らせたキムワイプを載せ、パラフィルムで密閉してからDNAプレートを上下
  裏返して37 ℃インキュベート。(1hr or オーバーナイト)

4. 泳動待ちの間、ミニエッペンの各サンプルは、一旦、−30℃ Freezerにストックしておく。

5. 0.7% アガロースゲル(TAKARAのAgar)/TBE (Tris-borate EDTA) + EtBr
  (ethidium bromide) をミューピットのゲル作製用で作る(1つのゲルに対してコームを
  上下2段で作製する)。
   泳動用バッファーTBE+EtBr:(×10)TBEから(×1) TBEを作製。
                  (×1)TBE 1リットルにEtBr 10〜20 μl入れる。
   *注:泳動用バッファーにEtBrを入れていないと下のバンドは出にくい。EtBrは冷蔵庫
      に保存。発がん性があり危険なので、必ず手袋をして扱うこと。

6. DNAプレートのサンプルを全量(3 μl)とDNAマーカー1〜数μl(−30℃、Freezer)
  をウェルに加える。
            *使用したDNAマーカー:
                λファージ                  44 μl
                (×10)Mバッファー     5 μl
                Hind III                        1 μl /計50 μlにする。
        37℃、オーバーナイト
        DNA dye を等量50 μl加え、合計100μlにする。
        −30℃で保存する。
          *使用した(×10)Mバッファー(Universal Buffer):
                        100 mM Tris-HCl (pH 7.5)
                        100 mM MgCl2
                        10 mM ジチオスレイトール(dithiothreitol)
                        500 mM NaCl

7. 泳動。100 mV、20 min 〜 200 mV、10 min


【泳動したゲルの写真撮影】

1. 撮影装置の設定
                Printgraph、Fluo-LINK    ON (押す)
                モニター                           ON
                ATTA  Image Saver         ON
                SEIKOSHA VP 1500II       ON

2. 透明アクリル板の上に100% EtOHを少量載せ、その上にラップを貼る。

3. ラップの上に泳動したゲルを載せ、絞り、ピント、倍率を合わせて写真を1枚撮る
  (printを押す)。

4. バンドが確認できない、バンドの泳動がおかしい場合は、その番号のミニエッペン
  チューブを捨てる。

5. 写真にサンプル名、No、どの番号を捨てたか、などを記入し、ノートに貼る。

6. プラスミドが足りなくなったら、再度カルチャー→ミニプレップマシン→チェック



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